| 年 月 | 事 項 |
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| 2001年 5月 | 兵庫県尼崎市にインターサイト・ナノサイエンス株式会社を設立 |
| 2005年 7月 | 京都大学と「動物細胞における軽度低温応答配列」に関する独占的実施許諾契約を締結 |
| 2006年 1月 | 理化学研究所出願特許「脱顆粒反応およびサイトカイン産生の制御剤」に関して実施許諾契約を締結 |
| 2006年 4月 | 大阪府茨木市の彩都バイオインキュベータ内に彩都研究室を開設 |
| 2007年 2月 | インタープロテイン株式会社に社名変更 |
| 2007年10月 | 神奈川県相模原市のさがみはら産業創造センター内に相模原研究室を開設 |
| 2008年 4月 | 独立行政法人理化学研究所と亜鉛イオン濃度の制御により細胞内の各種機能が調節されている機構、特に免疫関連疾患への基盤的な研究を実用化に向けて推進することを目的として共同研究契約を締結 |
| 2008年 9月 | 株式会社丸和栄養食品と蛋白質Ｘ線結晶構造解析の実施についての包括提携契約を締結 |
| 2008年11月 | 大阪市北区に本社を移転 |
| 2011年10月 | 味の素製薬(株)との共同研究開発契約締結 |
| 2012年11月 | 研究成果最適展開支援プログラム（A-STEP）産学共同推進ステージに低分子IL-6阻害薬プログラムが採択 |
| 2012年12月 | 研究成果最適展開支援プログラム（A-STEP）FSステージにVEGFペプチド（マイクロ抗体）研究プログラムが採択 |
| 2013年 2月 | ラクオリア製薬(株)との共同研究開発契約締結 |
| 2013年 4月 | 武田薬品工業(株)と低分子蛋白質間相互作用制御薬の分子設計業務実施契約を締結 |
| 2013年11月 | 研究成果最適展開支援プログラム（A-STEP）産学共同推進ステージに立体構造規制ペプチド（マイクロ抗体）研究プログラムが採択 |
| 2014年 2月 | 独立行政法人宇宙航空研究開発機構（JAXA）と低分子医薬品の開発に向けた宇宙環境を利用した高品質蛋白質共結晶生成に関する共同研究契約を締結 |
| 2014年12月 | 研究成果最適展開支援プログラム（A-STEP）FSステージにコンビナトリアル合成を基盤とする抗ピロリ菌薬の開発プログラムが採択 |
| 2015年11月 | 仏イプセン社との新規ペプチドの共同研究開発契約締結 |
| 2016年 4月 | 株式会社エーアイスクエアとの人工知能技術活用創薬に関する共同研究開発契約締結 |
